Uno de los principales motivo de la RNAM, es la conservación de sus bosques, en los cuales la deforestación por parte del hombre causo muchos daños, en algunos casos irremediables acelerando la desaparición de especies únicas. Así mismo estos bosques cumplen también la función de regulazacion del clima, de las precipitaciones pluviales. Por esta deforestación, el clima de la Amazonia está cambiando ya.
Esta reserva contiene una enorme y peculiar riqueza biológica, y destacan numerosas especies de su flora y fauna muchas aun sin descripción científica. Los investigadores han reportado la existencia de 145 especies de mamíferos, 476 de aves, 120 de reptiles, 83 de anfibios, 155 de peces, 522 de mariposas, además de 1,780 especies de plantas.
Algunas de estas especies son nuevas para la zoología, como los primates guapo ecuatorial (Pithecia aequatoriales) y el tocón negro (Callicebus lucifer); las aves hormigueras Herpsilochmus gentryi, Percnostola arenarum y Myrmeciza castanea y; el atrapamoscas Zimmerius villarejoi. A éstas hay que sumar otra decena de especies de aves no conocidas antes en el Perú, como la bella cotinga (Xipholena punicea) y el manakin (Neopelma chrysocephalum). Debido a su cercanía con la ciudad de Iquitos y su fácil acceso, es un enorme potencial para el turismo ecológico.
